A Nemzeti Bajnokság I osztályában 1940-41 ben 14 csapat küzdött a bajnoki címért. Ebben az időszakban jelentek meg a lelátókon az első szavalókórusok, nyílt szélsőjobboldali és fasiszta megnyilvánulások. A bírói csalással elvesztett 1940-es bajnokság, valamint a második zsidótörvény hatására Brüll Alfréd, Preiszman Lajos és Fodor Henrik az 1940. június 26-án megtartott, keserű hangulatú klubértekezleten úgy döntöttek, hogy - miután mást úgysem tehetnek - a csapat érdekében visszavonulnak. A játékosok és más érintettek azonban arra az álláspontra helyezkedtek, hogy elnökük és munkatársaik nélkül nem folytatják tovább.

A Hungária FC kimondta teljes feloszlatását. Voltak játékosok, akiknek sikerült átigazolniuk az árja klubokhoz. Vidor és Bíró újpestiek lettek, Dudás és Szabó a Csepel színeiben kergette tovább a bőrt, Szabó III. a Beszkártba került, Turay a WMKA-hoz szerződött, Béky az Elektromosba, Kardos a Törekvésbe, míg Sebes Gusztáv Szegeden lett edző. Titkos a Vasasba ment, és ide került a későbbi emblematikus angyalföldi, a Hungária FC szétverésekor még csak tizennyolc esztendős Illovszky Rudolf is. A Hungária volt vezetőség arra kérte a szurkolókat, hogy ezen túl a Vasast támogassák. A profi labdarúgó szakosztály tehát megszűnt, de a labdarúgás még létezett.

Voltak, akik hittek abban, hogy a hatalom beéri ennyivel. Brüll Alfréd azonban rosszabbtól tartott, és így Svájcba emigrált. A Magyar Labdarúgó-szövetség – kifogásolva, hogy a továbbra is MTK néven jegyzett amatőrcsapatnál egy Jan Burko nevű lengyel zsidó menekült játszik – felfüggesztette az MTK játékjogát, majd a Hungária körúti létesítményt a Magyar Országos Véderő Egylet elnevezésű náci szervezet kezére játszották. Mindezen lépések ellen úgy a Ferencváros, mint az Újpest vezetősége tiltakozott – teljesen eredménytelenül. A kék-fehér klub, amely az elmúlt közel négy évtizedben a magyar labdarúgás egyik élcsapatává nőtte ki magát és válogatottak sorát adta, öt évre megszűnt létezni. Az elnök, Brüll Alfréd sorsa is szomorúan alakult. Az üldöztetések megszüntetéséről kapott hamis értesülés nyomán 1943-ban hazatért Magyarországra, ahol a nyilasok elfogták és meggyilkolták.

Az NB I létszámát tizenhatra emelték ezért a négy kieső: BSZKRT, Tokod, Törekvés és Szombathelyi Haladás helyére hat csapat érkezett, Kolozsvár AC, Lampart FC, Szeged Vasutas SE (NB II. bajnokai), Budapesti MÁVAG, Nagyváradi AC és az Újvidéki AC.