Az 1998-99-es idényben új néven működött a magyar labdarúgás élvonala: Professzionális Nemzeti Bajnokság, röviden PNB. A csapatokat működtető egyesületeknek vagy szakosztályoknak gazdasági társaságokká kellett alakulniuk. Továbbra is 18 csapat küzdött a bajnoki címért. Az MTK nagy fölénnyel, tizenkilenc ponttal huszonegyedik bajnoki címét szerezte meg a Ferencváros és az Újpest előtt. A lebonyolítási rendszer legfontosabb változása volt, hogy az osztályozókat eltörölték. Így egyenes ágon három csapat esett ki, a Videoton, a BVSC és a III. Kerület. Feljutott a Lombard FC Tatabánya, a Nagykanizsai Olajbányász FC, a Szeged LC.