A 2006/2007 bajnokságot a Debrecen nyerte meg, és ezzel történelmet írt, mert elsőként sikerült vidéki csapatként háromszor egymás után bajnokságot nyernie. A bajnokság érdekessége volt még, hogy a Ferencváros története során először nem volt tagja az élvonalnak. A korszerűtlen és felelőtlen gazdálkodás miatt az egyesület gazdasági helyzete katasztrofálissá vált. Az MLSZ eljárásának következtében a futballcsapat 2006-ban az NB.II-be került, ott azonban nem nyújtott megfelelő teljesítményt az első két évben, ezért három szezont is eltöltött a másodosztályban.